【python】生物系工学博士がpython玄人になるまで【環境について】 その1

pythonとの出会い

皆さんは実験データの解析は何を使っていますか?

生物系であれば、ImageJといった画像解析を使ってexcelなどでやっていたり、Rというものを使った統計解析、MATLABというものを使っている方もいるかと思います。

私は、解析についてはド素人かつ貧乏研究室なので、有料のソフトもなかなか使えず、これまではImageJとexcelを使ってごり押してきました。

これでやっていても、如何せん効率が悪すぎる。

ではどうするか?

自分で習得するしかない!

となったときに、無料でつとっつきやすそうなものを検索したときに出てきたものが「python」でした。

というわけで、実験データの解析をいかに簡単にできるようにするか、ということを解決するために、いつか玄人になる日を目指しての取り組みを記して行きます。

相棒たち(使用しているもの)

  • パソコン :MacBook Pro 13インチ (2018)メモリ16GB
  • python :python3 pyenvを使ってバージョンの管理
  • 環境  :venvというものを使って仮想環境
  • エディタ:Visual Studio Code(VScode)

pythonを始める準備

下記のページを参考に進めていきました。

【2019年版】Pythonインストール・Mac編【長く安全に使える方法】

https://basicincome30.com/python-install-mac

大体の手順は次の通りです

  1. 【Xcodeのインストール】ソフトウェアを開発するためのApple社製のツールだそうです。
  2. 【Homebrewのインストール】Macに必要なものをインストールするためにお手伝いをしてくれるものだそうです。
  3. 【pyenvのインストール】pythonのバージョンを管理するものだそうです
  4. 【python本体のインストール】pyenvを使ってインストールすることで本来は1つのバージョンしか入れられないpythonを複数個入れることができるそうです
  5. 【venvで仮想環境の作成】仮想環境を使うことで失敗してもやり直しやすいそうです。私はいろいろむやみやたらにいじりすぎて、正常に動かなくなってしまったことがありました。これをやっていたおかげで復旧が楽で本当に助かりました。

以上の5ステップでpythonの準備が完了です

VScodeの準備

下記のページを参考にして準備しました

Python開発環境構築 on Mac + VSCode

Python開発環境構築 on Mac + VSCode - Qiita
pythonを使って機械学習・ディープラーニングの勉強を始めるにあたり、Macで開発環境を構築しました。 勉強目的でpython3のバージョンを特に使い分ける予定はないため、pyenvは入れませんでした。 ## 環境について + ...

を参考にしてVScodeのインストールと設定を行います。

そして、VScodeでコマンドパレットを表示して「Python: インタープリターの選択」で、作成した仮想環境に入っているpythonを選択します。

使用するための準備として

ターミナルからVisual Studio Codeを起動する方法【公式の方法】

ターミナルからVisual Studio Codeを起動する方法【公式の方法】 - Qiita
2018.07.03 新規で来てくださった方にわかりやすいように更新しました。 ターミナルからエディタを起動したい。`atom hoge.js`とかやって特定のファイル開いたり`atom .`とかやってカレントディレクトリ開くといっ...

を参考にして、VScodeをターミナルから開けるように準備します。

実際にpythonを使う

以上で、pythonを使用するための準備ができました。

あとは実際に使うだけです。

  • 仮想環境の有効化
  • VScodeの起動
  • ひたすらコードを書いて練習する

という感じで学習をしています。

必要なライブラリのインストール方法や違うバージョンを使いたい、失敗したから新しくやり直したいというときは

【2019年版】Pythonインストール・Mac編【長く安全に使える方法】

https://basicincome30.com/python-install-mac

を参考させていただくと非常に簡単明解です。

という感じで環境を準備しましたので、python玄人を目指して日々精進していきます。

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